Die Fraport AG verfügt über eine Verbundzertifizierung nach ISO 9001, die das Stammhaus und 15 Tochterunternehmen umfasst. Im Laufe des Jahres 2017 erfolgte die Umstellung der Qualitätsmanagementsysteme aller Verbundunternehmen auf die Anforderungen der ISO 9001:2015. Das im April 2018 durch TÜV NORD CERT GmbH durchgeführte Deltaaudit, hat die erfolgreiche Umstellung für den gesamten Zertifizierungsverbund bestätigt.
Das Qualitätsmanagementsystem der Fraport AG wurde 1994 nach den Bestimmungen der internationalen Norm ISO 9001 eingerichtet und 1997 erstmals zertifiziert. Seit 2000 wurde der Zertifizierungsverbund kontinuierlich ausgebaut. Einzelne Konzernunternehmen sind zusätzlich nach OHSAS 18001 (Arbeitsschutz) durch die TÜV NORD CERT GmbH zertifiziert.